O Pantanal é uma planície sedimentar situada na região central da América do Sul, estendendo-se no Brasil por uma área de 168.000 Km², nos estados de Mato Grosso e Mato Grosso do Sul, entre encostas do planalto central, a leste, norte e sul, e elevações pertencentes ao sistema andino, a oeste.

Geologicamente, trata-se de uma depressão localizada na região de contato entre o escudo brasileiro e o sistema andino, resultado, segundo diferentes autores, da fragmentação ou erosão dessas estruturas durante a formação do relevo local, iniciada no período Cretáceo Superior, a mais ou menos 80 milhões de anos. No entanto, os fatos mais relevantes que possibilitaram a colonização do Pantanal pela flora e fauna observadas atualmente, vieram a se processar nos últimos 30 mil anos, com a formação do relevo, de sua rede hidrográfica e o aumento da umidade.

O relevo apresenta atualmente modestas elevações alongadas (cordilheiras) ou circulares (capões) e morros isolados, canais de escoamento permanentes (rios) ou temporários (corixos), planícies inundadas e lagoas (baías).

Os principais rios que formam o Pantanal são: Paraguai, Cuiabá e São Lourenço, em sua parte norte e Taquari, Negro e Miranda, em sua parte sul.

A média anual de chuva é de aproximadamente 1.400mm, com a maior concentração entre outubro e março e a menor em agosto e setembro.

A temperatura média oscila entre 24°C e 28°C. A temperatura média das máximas é de 32°C e a temperatura média das mínimas, de 20°C.

A altitude varia de 80 a 110m acima do nível do mar.

A vegetação pantaneira é composta de plantas hidrófilas (aquáticas), higrófilas (temporariamente inundadas), mesófilas (umidade média) e xerófilas (adaptadas à condições de forte seca), caracterizando ricos mosaicos de matas, cerrados e campos limpos, uma diversidade que apresenta excelentes condições para a observação da variada fauna local, notadamente aves, com a presença de centenas de espécies.

Estima-se em 8.000 anos a idade de sítios arqueológicos situados em margens altas do rio Paraguai e morros e em 2.000 anos a época da ocupação das áreas alagáveis por indígenas. Nos últimos 250 anos deu-se a ocupação da planície por fazendas de criação de gado bovino, mais expressiva característica cultural e econômica da região, que hoje vem cedendo cada vez mais espaço ao ecoturismo.

Os maiores riscos à integridade dos ecossistemas pantaneiros encontram-se na bacia do rio Paraguai, fora da planície, como a agricultura mecanizada, que gera, com o desmatamento e a erosão, o assoreamento dos rios pantaneiros, com grandes impactos ambientais. Essa agricultura ainda polui as águas com agrotóxicos e resíduos de destilarias de álcool. Além da agricultura, a mineração de ouro está associada à degradação e contaminação por mercúrio.